NiBabelのメモ

NiBabelを使ってデータを読み込む

NiBabelでは、loadを使ってデータを読み込みます。
loadで、Nifti1Imageオブジェクトを作ります。
pathでは、.niiファルなどのフォーマットを指定してください。

import nibabel as nib

path = "ファイル名"

#ファイルの読み込み
img = nib.load(path)

type(img)
#Out : nibabel.nifti1.Nifti1Image

データをnumpy配列として取得することができます。
データ操作がしやすくなると思います。


#データをnumpy配列で取得する
img_data = img.get_data()
img2_data = img.get_fdata()
type(img_data)
#Out : numpy.ndarray

ヘッダー情報を取得します。

#ヘッダーの取得
header = img.header()

ヘッダーオブジェクトでは、サイズを確認することができます。

header.get_data_shape()