UbuntuでFreeSurfer

brain




FreeSurfer動かなかった

結局、FreeFurferはUbuntu環境では動作しませんでした。

Ubuntu18で試した結果:Freeviewが動作しない

Ubuntu16で試した結果:Freeviewは動作したが、画面がおかしくなる。

一応、Ubuntu16では動作しましたが、Freeview画面がおかしくなったので、「うーん」て感じでした。

FreeViewを更新する。
http://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/UpdateFreeview

メモ。。。

パッケージが足りないとかたくさん出てきました。

freeview.bin: error while loading shared libraries: libpng12.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory
libjpeg62
libGLU.so.1
libxmu.so.6
libpng12.so.0
How to install libjpeg62-turbo on Ubuntu 16.04.2 LTS (Xenial)?
To install a package onto Ubuntu 16.04.2 LTS (Xenial), I'm being prompted with "Package libjpeg62-turbo is not installed." .. I see it listed in how...
error while loading shared libraries: libpng12.so.0
I am trying to install FreeSurfer: I am following these steps to install FreeSur...

MacOS環境が一番簡単でスムーズにインストールできました。
macOSにFreeSurferをインストール

UbuntuでFreeSurfer

FreeSurferは、LinuxとmacOSの環境で動作します。

license.txtを入手する

FreeSurferに登録すると、license.txtが送信されます。

license.txtは後で必要になるので、FreeSurferに登録しときましょう。

FreeSurfer Registration form

FreeSurferをダウンロードする

適当な場所にFreeSurferをダウンロードします。

wget -c https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

結構かかる
1時間以上かかった

FreeSurferのインストール

FreeSurferをダウンロードするで、ダウンロードしたファイルを解凍&展開します。

sudo tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

展開先に、/usr/localを指定してください。

インストールしたフォルダにlicense.txtを移動

license.txtをfreesurfer内に移動させます。

sudo mv license.txt /usr/local/freesurfer

セットアップ/環境変数

環境変数を設定します。

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

因みに

export -p

で、環境変数を確認できる。

FreeSurferの確認

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

上のコマンドを入力すると

これが出てくれば、OKらしい。

subjectディレクトリの登録

export SUBJECTS_DIR=<設定したいディレクトリ>

起動するたびに、環境変数が設定されるようにする

exportで環境変数を設定したが、WSLを終了させると消えてしまう。

nano .bashrc

一番下に次のコマンドを入力する。

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
export SUBJECTS_DIR=<設定したいディレクトリ>
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

こうすることで、起動するたびに自動的に実行される。
[Ctrl+O]で、保存する。
[Ctrl+T]、次に、.bashrcを選択してEnterを押す。

[Ctrl+X]で、終了する。

Freeviewをアップデートする

UpdateFreeview - Free Surfer Wiki

参照ページ

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