UbuntuでFreeSurfer

UbuntuでFreeSurfer

FreeSurferは、LinuxとmacOSの環境で動作します。

license.txtを入手する

FreeSurferに登録すると、license.txtが送信されます。

license.txtは後で必要になるので、FreeSurferに登録しときましょう。

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html

FreeSurferをダウンロードする

適当な場所にFreeSurferをダウンロードします。

wget -c https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

結構かかる
1時間以上かかった

FreeSurferのインストール

FreeSurferをダウンロードするで、ダウンロードしたファイルを解凍&展開します。

sudo tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

展開先に、/usr/localを指定してください。

インストールしたフォルダにlicense.txtを移動

license.txtをfreesurfer内に移動させます。

sudo mv license.txt /usr/local/freesurfer

セットアップ/環境変数

環境変数を設定します。

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

因みに

export -p

で、環境変数を確認できる。

FreeSurferの確認

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

上のコマンドを入力すると

これが出てくれば、OKらしい。

subjectディレクトリの登録

export SUBJECTS_DIR=<設定したいディレクトリ>

起動するたびに、環境変数が設定されるようにする

exportで環境変数を設定したが、WSLを終了させると消えてしまう。

nano .bashrc

一番下に次のコマンドを入力する。

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
export SUBJECTS_DIR=<設定したいディレクトリ>
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

こうすることで、起動するたびに自動的に実行される。
[Ctrl+O]で、保存する。
[Ctrl+T]、次に、.bashrcを選択してEnterを押す。

[Ctrl+X]で、終了する。

参照ページ