WSL環境でFreeSurferを試す-FSチュートリアル編-

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WSL環境でFreeSurferを試す-FSチュートリアル編-

試している途中・・・

失敗するかも・・・

FreeSurferTutorialDatasets

参照

  1. https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/OutputData_freeview
  2. https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/FsTutorial/Data

チュートリアルデータセットを入手

wget -c https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/data/tutorial_data.tar.gz -o tutorial_data.tar.gz
tar -xzvf tutorial_data.tar.gz
rm tutorial_data.tar.gz
export TUTORIAL_DATA=$SUBJECTS_DIR
export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs
cd $SUBJECTS_DIR

freeview -v \
good_output/mri/T1.mgz \
good_output/mri/wm.mgz \
good_output/mri/brainmask.mgz \
good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
-f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \
good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \
good_output/surf/rh.white:edgecolor=blue \
good_output/surf/rh.pial:edgecolor=red
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