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fMRI Data Analysis

SPM12でNIfTI変換

SPM12でDICOMをNIfTIに変換する SPM12を起動します。 右下のをクリックし、変換したいDICOMを選択します。 変換するファイルは、NIfTIなので、下のSingle Fileを選択して...
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MRIConvertを使ってNIfTI変換

MRIConvertの使用感 MRIConvertは、NIfTIに変換したいDICOMファイルの入ったフォルダを選択して、実行するだけで、自動的にフォルダー管理してくれます。 通常のMRIの撮像では、位置の撮像・T1強調画像・fMR...
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MRIcron dcm2niiguiでNIfTI変換

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NiBabelのメモ

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NIfTIのメモ

参考URL
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脳画像の座標まとめ

脳画像の座標系 脳画像の座標系の見方・種類などをメモします。 標準座標系は、TalairachとMNIの2つをメモする。 脳画像の見方 脳画像は、たいてい3次元なので、XYZで表すことができる。 XYZ軸は、次のように...
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fMRI 脳機能画像解析のメモ

fMRI 脳機能画像解析の大まかな流れ 位置補正 (realignment) 標準化 (normalisation) 平滑化 (smoothing) 一般線形モデル (general linear model) 統計的推論 (...
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Nipy 活性化マップの描画のメモ

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Nipyのメモ

Nipy 構造的および機能的なニューロイメージングデータの解析 機能的MRI(fMRI)画像データの解析のためのライブラリ 主な機能 脳機能画像データの入出力と、ファイルパラメータの取得 脳機能画像データの形状...
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Nipy データセットをインストールする方法

nipy データセットをインストールする方法 nipyのOptional data packagesをインストールする方法を紹介します。 nipyのライブラリ(ソースコード)には、テストを実行するための非常にデータファイルがいく...
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Niwidgetsのメモ

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PythonのNeuroimagingライブラリをまとめてみた

PythonのNeuroimagingライブラリをまとめてみた Pythonのニューロイメージングデータ解析のためのライブラリについてまとめてみました。 nipy.orgが提供しているライブラリを主に紹介していきます。 ...
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DICOMからNIfTIに変換するメモ

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MRIcronのdcm2niiguiのインストール

MRIcronのdcm2niigui MRIcronのdcm2niiguiのインストールを紹介します。 dcm2niiguiは、DICOM形式からNIfTI形式に変換するためのソフトウェアです。 NIfTIへの変換はこちらへ ...
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MRIの撮像パラメータについて簡単にまとめる

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