PythonのNeuroimagingライブラリをまとめてみた
Pythonのニューロイメージングデータ解析のためのライブラリについてまとめてみました。
nipy.orgが提供しているライブラリを主に紹介していきます。
Nipy.orgの公式ページは、こちらから入れます。
Nipyとは
Nipyとは、Neuroimaging in Pyhonの略です。
Neuroimaging in Python Communityが提供するニューロイメージングデータ解析のためのライブラリです。
このNeuroimaging in Python Communityは、色々なニューロイメージングデータ解析に関するライブラリを提供しています。
今回紹介するライブラリは、その一部です。
nipy-handout.pdf
NeuroimagingにおけるPythonライブラリの全容がまとめられたPDF
Nipy：fMRI解析
Nipyのメモ
構造的および機能的なニューロイメージングデータの解析
機能的MRI(fMRI)画像データの解析のためのライブラリ
主な機能
- 脳機能画像データの入出力と、ファイルパラメータの取得
- 脳機能画像データの形状変換
- 脳機能画像データの空間的前処理
- 血流動態モデルの作成
- 一般線型モデルの計算
- 脳機能解析アルゴリズム（主成分分析など）
参考リンク
NiPyの基礎
日本語のレポートでわかりやすいのでオススメです。
PDFなので、ダウンロードでき便利です。
Nipy
公式のドキュメントです。
Nibabel：ファイルIO
ファイルの入出力とデータ管理のためのライブラリ
NIfTIファイルの入出力
参考リンク
Nitime：時系列解析
ニューロサイエンスデータの時系列解析
fMRIデータの時系列解析のためのライブラリ
参考リンク
Nilearn：機械学習
ニューロイメージングデータの機械学習ライブラリ
参考リンク
PyMVPA
大規模なニューロイメージデータセットの機械学習を容易にするライブラリ
参考リンク
PyMVPA
公式ページ
PyMVPA-Manual.pdf
公式の英語マニュアルのPDF
Niwidgets：視覚化
データの視覚化ライブラリ
Niwidgetsのメモを書きました。
下のリンクで見ることができます。
Niwidgetsのメモ
参考リンク
pydicom：DICOMファイルを扱う
Pydicomは、医用画像などのDICOMファイルを扱うためのパッケージです。
