機械学習
Pythonで勾配降下法
fmri
fMRI Data Analysis SPM12|WFU_PickAtlasでROI解析
SPM12|WFU_PickAtlasでROI解析
SPM12でWFU_PickAtlasというツールを使って、ROI解析をします。
対象の部位だけにマスクをかけて、その部分だけの解析結果を表示させます。
WFU_PickAtla...
fMRI Data Analysis SPM12でSPM8のNormalisation(標準化)する方法
SPM12でSPM8のNormalisation(標準化)する方法
SPM12でSPM8の標準化をする方法を紹介します。
SPM12とSPM8では、デフォルトでMNIが違います。
SPM12では、標準化後のサイズが79-95-...
fMRI Data Analysis SPM12|Batchで一括で解析する方法
SPM12|Batchで一括で解析する方法
Batchの作り方
Batchの作り方を紹介します。
今回実行する手順は、このサイトで紹介したSPM12の手順をと同じです。
spm12|Realign（動き補正）
sp...
fMRI Data Analysis SPM12|Check Reg
SPM12|Check Reg
Check Regでは、複数のMRI画像を並べて、確認することができます。
参考
spm12_startersguide.pdf
fMRI Data Analysis SPM12|Display
SPM12|Display
Displayでは、fileのサイズ(x-y-z座標)などの、NIfTI画像とその情報を確認することが出来ます。
参考
spm12_startersguide.pdf
fMRI Data Analysis SPM12|Results(結果表示)
Results(結果表示)
Estimateの結果を表示させます。
Estimateで作られた、SPM.matを選択します。
Define new contrastをクリックします。
define c...
fMRI Data Analysis SPM12|Estimate(推定)
SPM12|Estimate(推定)
は、Specify 1st-levelで作られた、SPM.matを選択する。
参考
spm12_startersguide.pdf
brain macOSにFreeSurferをインストール
macOSにFreeSurferをインストールする
手順
XQuartzのインストール
FreeSurferをインストール
FreeSurferライセンス
FreeSurferの設定
テスト
下のサイトを見てイ...
fMRI Data Analysis SPM12の使い方メモ
SPM12の使い方
SPM12の解析手順の記録しようと思います。（私が忘れてしまうので...）
SPMは、MATLAB上で動作するので、当たり前ですが、MATLABが必須となります。
fMRIの実験において、実験デザインは...
fMRI Data Analysis SPM12|Specify 1st-level（モデル決定）
SPM12|Specify 1st-level（モデル決定）
SPM.matが作成される
設定
ブロックデザインについての設定です。
事象関連デザインの場合は、Slice Timingを実行するので、でSecondsを選択す...
fMRI Data Analysis SPM12|Smooth（平滑化）
SPM12|Smooth（平滑化）
SPM12のSmooth（平滑化）の手順をメモします。
Smoothで作成されるファイルは、
s+ファイル名
の１種類のみです。
Normalizationで作った、...
fMRI Data Analysis SPM12|Normalise（標準化）
SPM12|Normalise（標準化）
SPM12のNormalise（標準化）の手順をメモしていきます。
出力されるファイルは、
w+ファイル名
y_mean+ファイル名
の２種類のファイルが作成される。
...
fMRI Data Analysis SPM12|Realign（動き補正）
SPM12|Realign（動き補正）
SPM12のRealign（動き補正）の手順を記録します。
出力されるファイルは、
r+ファイル名
rp_f-MRI_001.txt
mean+ファイル名
上の３種類のファ...
fMRI Data Analysis BOLD効果とfMRIのメモ
BOLD効果とfMRIのメモ
fMRIの原理である、BOLD効果についてのメモです。
BOLD効果を誰でも分かるように、簡単に説明していきます。
BOLD効果とは
BOLDは、
Blood-Oxygenation-...
fMRI Data Analysis 実験デザインと血流動態(HRF)モデル
fMRI Data Analysis 血流動態反応関数(HRF)をPythonでモデリング
fMRI Data Analysis MRIcroGLのdcm2niixでNIfTI変換
fMRI Data Analysis SPM12でNIfTI変換
SPM12でDICOMをNIfTIに変換する
SPM12を起動します。
右下のをクリックし、変換したいDICOMを選択します。
変換するファイルは、NIfTIなので、下のSingle Fileを選択して...
fMRI Data Analysis MRIConvertを使ってNIfTI変換
MRIConvertの使用感
MRIConvertは、NIfTIに変換したいDICOMファイルの入ったフォルダを選択して、実行するだけで、自動的にフォルダー管理してくれます。
通常のMRIの撮像では、位置の撮像・T1強調画像・fMR...
fMRI Data Analysis MRIcron dcm2niiguiでNIfTI変換
fMRI Data Analysis NiBabelのメモ
fMRI Data Analysis NIfTIのメモ
参考URL
fMRI Data Analysis 脳画像の座標まとめ
脳画像の座標系
脳画像の座標系の見方・種類などをメモします。
標準座標系は、TalairachとMNIの2つをメモする。
脳画像の見方
脳画像は、たいてい３次元なので、XYZで表すことができる。
XYZ軸は、次のように...
fMRI Data Analysis fMRI 脳機能画像解析のメモ
fMRI 脳機能画像解析の大まかな流れ
位置補正 (realignment)
標準化 (normalisation)
平滑化 (smoothing)
一般線形モデル (general linear model)
統計的推論 (...
fMRI Data Analysis