Niwidgetsのメモ

Niwidgetsのメモ

Niwidgetsのメモを残します。

Niwidgetsは、神経画像データを視覚化するインタラクティブなウィジェットを表示するためのパッケージです。

Niwidgetsのインストール

Anaconda環境にインストールしていきます。

使用環境は、macOSです。

AnacondaナビゲーターのEnvironmentsにインストールします。

コマンド

pip install niwidgets

ipywidgetsを最新バージョンにする

Niwidgetsでは、ipywidgetsのVideoとAudioを使用しています。

VideoとAudioは、ipywidgetsの7.4から追加されました。

7.4が最新バージョンなので、ipywidgetsをアップデートしましょう。

ipywidgets changelog

ipywidgetsのバージョン確認

Anacondaの全てのパッケージのバージョンを確認できます。

pip list

これで、ipywidgetsを探して、バージョンが7.4以上になっていることを確認してください。

ipywidgetsのアップデート

ipywidgeetsのアップデータを行います。
以下のコマンドを実行してください。

conda update ipywidgets

Niwidgetsを使う

公式のドキュメントNiwidgetsを参照しています。

Niwidgetsが使えるか確認

import niwidgets

「Videoがimport出来ません」とエラーが吐いた場合、ipywidgetsをアップデートしてください。

画像を表示する

Usage: niwidgets examplesから引用しています。

from niwidgets import NiftiWidget
from niwidgets import examplet1

test_widget = NiftiWidget(examplet1)
test_widget.nifti_plotter()

Nilearnからプロット関数を使う

plot_epi

import nilearn.plotting as nip

test_widget.nifti_plotter(plotting_func=nip.plot_epi, display_mode=['ortho', 'x', 'y', 'z', 'yx', 'xz', 'yz'])

plot_glass_brain

from niwidgets import examplezmap
import nilearn.plotting as nip
test = NiftiWidget(examplezmap)
test.nifti_plotter(plotting_func=nip.plot_glass_brain, threshold=(0.0, 10.0, 0.01),
                   display_mode=['ortho','xz'])

plot_img

from niwidgets import NiftiWidget
from niwidgets import exampleatlas
atlas_widget = NiftiWidget(exampleatlas)
atlas_widget.nifti_plotter(plotting_func=nip.plot_img, display_mode=['ortho', 'x', 'y', 'z'], colormap='hot')