DICOMからNIfTIに変換するメモ

医用画像のデータ形式は、一般的にDICOM形式である。

画像解析をするにあたって、解析しやすいデータ形式に変換する。

今回は、DICOM形式からNIfTI形式に変換する作業を紹介します。

変換ツールは、MRIcron dcm2niiguiとSPM、MRIConvertを使用します。

更新
DICOMからNIfTIに変換するソフトウェアについて、別記事に書きました。
リンクを貼りましたので、そこからジャンプしてください。

DICOM形式からの変換

MRI等の医用画像データはDICOM形式で保存されていることが多い。

この画像データ(DICOM形式)を、画像解析しやすいデータ形式に変換する。

データ形式には、Analyze形式NIfTI形式がある。

Analyze形式

画像の拡張子は、.hdr.imgの2つのファイルから構成されている

.hdrには、画像のマトリクスサイズやボリューム数など、画像を読み込むのに必要なヘッダ情報が記述されている

.img には、実際の画像データ情報が記述されている

Analyze形式は、2つの画像ファイルが揃って初めて画像を読み込むことができる

このため、Analyze形式はファイル数が多くなってしまう。

NIfTI形式

NIfTI形式はMR画像を利用した画像解析のために開発された画像保存形式である。

画像ヘッダ情報と画像データ情報を1つにファイルに記述した.niliが拡張子になる

また、このファイルをgzip圧縮したnii.gzファイルをある。

DICOM形式からNIfTI形式に変換する

DICOM形式の画像をNIfTI形式に変換するにはSPMを使用する方法とMRIcron dcm2niiguiを使用する方法、MRIConvertを使用する方法

使用感とアドバイスを元に、
私は、MRIConvertを利用しています。

dcm2niiも使いやすいという方もいるみたい…

好きな方を選べばいいと思います。

DICOMからNIfTIに変換するソフトウェア

DICOMからNIfTIに変換するソフトウェアを紹介します。

MRIConvert

私的に1番使いやすくて、動作も安定したソフトです。

フォルダーに自動で振り分けてくれるので、楽です。

参考

http://www.nemotos.net/?p=786

MRIcronのdcm2niigui

動作があまり安定しない印象です。

下のリンク先でも書いてありますが、dcm2niiは、dcm2niixに移行したみたいです。
dcm2niiは古いソフトです。
http://people.cas.sc.edu/rorden/mricron/dcm2nii.html

使い方はこちらから

参考書


http://www.nemotos.net/resources/20140524_dcm2niigui.pdf” rel=”noopener

MRIcroGLのdcm2niix

前節のdcm2niiの最新バージョンです。
4DのNIfTIファイルか、4DのNIfTI2(gz圧縮)の2種類に変換できます。

SPM12

解析ツールのSPM12を使ってNIfTIに変換します。

4DのNIfTIに変換できます。

3Dから4Dに変換や、逆に4Dから3Dに変換することも出来るので、意外と便利です。

ただし、MATLABがないと使えません。

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