DICOMからNIfTIに変換するメモ

医用画像のデータ形式は、一般的にDICOM形式である。

画像解析をするにあたって、解析しやすいデータ形式に変換する。

今回は、DICOM形式からNIfTI形式に変換する作業を紹介します。

変換ツールは、MRIcron dcm2niiguiとSPM、MRIConvertを使用します。

DICOM形式からの変換

MRI等の医用画像データはDICOM形式で保存されていることが多い。

この画像データ(DICOM形式)を、画像解析しやすいデータ形式に変換する。

データ形式には、Analyze形式NIfTI形式がある。

Analyze形式

画像の拡張子は、.hdr.imgの2つのファイルから構成されている

.hdrには、画像のマトリクスサイズやボリューム数など、画像を読み込むのに必要なヘッダ情報が記述されている

.img には、実際の画像データ情報が記述されている

Analyze形式は、2つの画像ファイルが揃って初めて画像を読み込むことができる

このため、Analyze形式はファイル数が多くなってしまう。

NIfTI形式

NIfTI形式はMR画像を利用した画像解析のために開発された画像保存形式である。

画像ヘッダ情報と画像データ情報を1つにファイルに記述した.niliが拡張子になる

また、このファイルをgzip圧縮したnii.gzファイルをある。

DICOM形式からNIfTI形式に変換する

DICOM形式の画像をNIfTI形式に変換するにはSPMを使用する方法とMRIcron dcm2niiguiを使用する方法、MRIConvertを使用する方法

使用感とアドバイスを元に、
私は、MRIConvertを利用しています。

MRIConvert

追加したファイルを自動的にフォルダー管理してくれるので、変換後わかりやすいです。

f-MRIデータとT1などで、自動的に分けてくれます。

下のリンクからMRIConvertをダウンロード&インストールしてください。
https://lcni.uoregon.edu/downloads/mriconvert

インストールが完了したら、下のファイルを起動します。

上のウィンドウの「Add files」をクリックします。
変換したいDICOMファイルを選択します。

今回は、出力形式を「NIfTI」にします。

出力ファイルは、

  1. FSL NIfTI
  2. SPM Analyze
  3. Meta Image
  4. NIfTI
  5. Analyze 7.5
  6. BrainVoyager

が選択できます。

参考

いつも参考にしているページです。
http://www.nemotos.net/?p=786

MRIcron dcm2niiguiを利用する

MRIcronを利用する方法を紹介する。

まずはじめにMRIcronをダウンロードする。
ダウンロードの方法は、こちら

次にDICOM形式からの変換をする。


*この画像は、macOS版です。

中央のOutput Formatで、Formatを選択します。
今回は、FSL/SPM8(4D NIfTI nii)を選択します。

そして、下の空白箇所に、DICOMファイルをドラッグ&ドロップすることで、NIfTI形式のファイルに変換することができます。

50秒ぐらいかかります。

また、DICOMファイルが入ったフォルダがある場合は、メニュバーのファイルから「DICOM to NIfTI」でフォルダを選択することで一気に変換することもできます。

変換ファイルの種類

3D

3D形式では、

  1. SPM2(3D Analyze hdr/img)
  2. SPM5(3D NIfTI hdr/img)
  3. SPM8(3D NIfTI nii)

があります。
3D形式では、ボリューム分のファイルが出力されます。

例えば、私らが使用しているものは、99ボリュームなので、99の変換されたファイルが生成されます。

4D

4D形式では、

  1. 4D NIfTI hdr/img
  2. FSL/SPM8(4D NIfTI nii)
  3. Compressed FSL(4D NIfTI nii)

があります。

4D形式では、1つのファイルにデータが格納されます。

nii.gzファイル(NIfTIの圧縮形式 )

nii.gzファイルにも変換することができます。

nii.gzに変換するためには、dcm2niigui

[Output Format]を[Compressed FSL (4D NIfTI nii)]

に変更します。

設定が終わったら、左上のメニューバーから[File]→[DICOM to NIfTI]より変換しましょう。

nipyなどを使うとき、ドキュメントではこのnii.gzがよく使われているので、nii.gz形式に変換した方が使いやすいでしょう。

SPMを利用する

SPMは、Matlab上で動作する。
そのため、ここでは、ダウンロードの仕方は省略する。

SPMを利用した方法では、SPM8を使用する。
(*SPMの最新は、SPM12である。)

SPM8では、通常DICOM import で取り込むデータは、DICOM形式からAnalyze形式に変換される。
SPM8の設定を変更することで、NIfTI形式にすることができるようになる。

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参考ページ

http://www.nemotos.net/resources/20140524_dcm2niigui.pdf” rel=”noopener

参考書