fMRI画像の可視化とマッピング with Python

fMRI画像の可視化とマッピング

PythonのライブラリであるniwidgetsとNilearnを使ったfMRI画像の可視化とマッピング方法をまとめます。

リンク

Nipy : niwidgets
Nilearn: plotting
Nilearn : examples

MRI画像の可視化

niwidgetsというライブラリを使います。

from niwidgets import NiftiWidget

widget = NiftiWidget("表示させたいファイル(nii)")
widget.nifti_plotter()

例:海馬のマスクを表示させる

活性化部位のマッピング

from nilearn import datasets
from nilearn import plotting

localizer_dataset = datasets.fetch_localizer_button_task()

# Subject specific anatomical image(下地になる解剖画像)
localizer_anat_filename = localizer_dataset.anat

# Contrast map of motor task(運動野を対象とした刺激による賦活マップ(t値を記録したt-map))
localizer_tmap_filename = localizer_dataset.tmap

#==== 画像の表示 ====
plotting.plot_stat_map(localizer_tmap_filename,
                       bg_img=localizer_anat_filename,
                       cut_coords=(20, -15, -15),
                       threshold=3, title="dim=0",
                       dim=0)
#====　保存する場合　====
#plt.savefig("保存名.png")

独自のt-mapを表示させたい場合はt-map部分を編集すればいい

plotting.plot_stat_map("表示させたT-map.nii",
                       bg_img=localizer_anat_filename,
                       cut_coords=(20, -15, -15),
                       threshold=3, title="dim=0",
                       dim=0)

例:海馬のマスクを表示させる