MRIConvertを使ってNIfTI変換

MRIConvertの使用感

MRIConvertは、NIfTIに変換したいDICOMファイルの入ったフォルダを選択して、実行するだけで、自動的にフォルダー管理してくれます。

通常のMRIの撮像では、位置の撮像・T1強調画像・fMRI(T2*強調画像)など複数のDICOMファイルが出力され、フォルダーで管理されていると思います。

MRIConvertを使えば、複数の撮像(DICOM)でも、自動的にその撮像にあった名前のフォルダーが作成され、とても管理しやすい状態で、出力されます。

MRIConvert

追加したファイルを自動的にフォルダー管理してくれるので、変換後のフォルダがわかりやすいです。

f-MRIデータとT1などで、自動的に分けてくれます。

下のリンクからMRIConvertをダウンロード&インストールしてください。
https://lcni.uoregon.edu/downloads/mriconvert

インストールが完了したら、下のファイルを起動します。

上のウィンドウの「Add files」をクリックします。
変換したいDICOMファイルを選択します。

今回は、出力形式を「NIfTI」にします。

注意
optionsをクリックしてください。

[Save as .nii file]にチェックが付いているか確認してください。

チェックが入ってないと、Analyze形式(.hdrと.imgの拡張子)になってしまいます。

その他4Dなどの設定も出来ます。

下の画像はmac版ですが、windowsも変わりません。

出力ファイルの種類

一般的に使われるのは、FSL NIfTIかNIfTIではないでしょうか。
SPM Analyzeは、Analyze形式なので、.hdrと.imgの2つのファイルが作成されてしまうので、あまりお勧めはしません。

.niiの拡張子を持つNIfTIが一般的なようです。

その他のフォーマットは特別なことがない限り使用しないでしょう。

  1. FSL NIfTI
  2. SPM Analyze
  3. Meta Image
  4. NIfTI
  5. Analyze 7.5
  6. BrainVoyager

私は、NIfTIを使用しています。