Nipy データセットをインストールする方法

nipy データセットをインストールする方法

nipyのOptional data packagesをインストールする方法を紹介します。

nipyのライブラリ(ソースコード)には、テストを実行するための非常にデータファイルがいくつかあります。
しかし、大規模なサンプルデータファイルや、重要な脳テンプレートは含まれていません。

これらのデータセットがない場合、nipyのサンプルコードが実行できないものもあります。

それらのデータセットは、別途インストールする必要があります。

大まかな説明は、http://nipy.org/nipy/users/install_data.html
の公式ドキュメントにあります。

このドキュメント通りにやってもうまく行かなったので、メモを残します。

こんなエラーが出ます

/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/h5py/__init__.py:36: FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating` is deprecated. In future, it will be treated as `np.float64 == np.dtype(float).type`.
from ._conv import register_converters as _register_converters

T1_brain.nii.gzがありませんとのエラーです。

標準のNipyでは、このファイルは入っていないので、今回紹介するデータセットのインストールが必要になります。

インストールの一連の流れ

  1. データパッケージをダウンロード
  2. setup.pyを修正
  3. setup.pyを実行

以上の3つの手順でインストールが完了します。

WindowsとmacOSの環境で試しましたが、どちらも同じ流れでインストールできます。

データパッケージのインストール

データのダウンロード

http://nipy.org/data-packages/

  1. nipy-data-0.2
  2. nipy-templates-0.2

を適当な場所にダウンロードします。

ダウンロードしたファイルの場所を

c:\path\to\extracted\files

とします。

setup.pyを編集する

エラーが出るので、setup.pyを修正します。

どちらも、setup.pyは変わらないので、ディレクトリだけ変更します。

ConfigParserというモジュールがありませんというエラーを吐きます。

nipy-data-0.2とnipy-templates-0.2のsetup.pyのソースコードを少しいじる必要があります。

修正箇所は、すごく簡単です。

importを変更します。

変更箇所


import configparser as ConfigParser

configparser as を追加してください。

この作業をnipy-data-0.2とnipy-templates-0.2の2つのフォルダのsetup.pyに対して実行します。

この修正をすることで、Optional data packagesのインストール完了です。

setup.pyを実行する

cdコマンドで、カレントディレクトリを変更します。

ダウンロードしたファイルの場所は、

c:\path\to\extracted\files

としました。

setup.pyを実行します。
引数にinstallを渡します。

コマンドは、下です。

cd c:\path\to\extracted\files
python setup.py install

この作業をnipy-data-0.2とnipy-templates-0.2に対して実行します。

流れ図

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