Nipy 活性化マップの描画のメモ

Nipy 活性化マップの描画のメモ
注意:拡張データセットが必要
plot_map
サンプルプログラム
出力結果

Nipy 活性化マップの描画のメモ

ここでは、Plotting of activation mapsのサンプルプログラムを試していきます。

注意:拡張データセットが必要

https://betashort-lab.com/brain/fmri/nipyのメモ/で、Nipyのインストールをしました。

Nipyをインストールしただけだと、標準的なデータセットしか含まれていないので、拡張のデータセットをインストールする必要があります。

この拡張データセットのインストールは、以下のページを参考にしてください。

Nipy データセットをインストールする方法

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plot_map

Neuroimaging in Python — NIPY Documentation

サンプルプログラム

Plotting of activation mapsのサンプルプログラムを試します。

from nipy.labs.viz import plot_map, mni_sform, coord_transform

# First, create a fake activation map: a 3D image in MNI space with
# a large rectangle of activation around Broca Area
import numpy as np
mni_sform_inv = np.linalg.inv(mni_sform)
# Color an asymmetric rectangle around Broca area:
x, y, z = -52, 10, 22
x_map, y_map, z_map = coord_transform(x, y, z, mni_sform_inv)
map = np.zeros((182, 218, 182))
map[x_map-30:x_map+30, y_map-3:y_map+3, z_map-10:z_map+10] = 1

# We use a masked array to add transparency to the parts that we are
# not interested in:
thresholded_map = np.ma.masked_less(map, 0.5)

# And now, visualize it:
plot_map(thresholded_map, mni_sform, cut_coords=(x, y, z), vmin=0.5)

出力結果

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Nipyのメモ

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