PythonのNeuroimagingライブラリをまとめてみた

Pythonのニューロイメージングデータ解析のためのライブラリについてまとめてみました。

nipy.orgが提供しているライブラリを主に紹介していきます。

Nipy.orgの公式ページは、こちらから入れます。

Nipyとは

Nipyとは、Neuroimaging in Pyhonの略です。

Neuroimaging in Python Communityが提供するニューロイメージングデータ解析のためのライブラリです。

このNeuroimaging in Python Communityは、色々なニューロイメージングデータ解析に関するライブラリを提供しています。

今回紹介するライブラリは、その一部です。

nipy-handout.pdf
NeuroimagingにおけるPythonライブラリの全容がまとめられたPDF

Nipy:fMRI解析


Nipyのメモ

構造的および機能的なニューロイメージングデータの解析

機能的MRI(fMRI)画像データの解析のためのライブラリ

主な機能

  1. 脳機能画像データの入出力と、ファイルパラメータの取得
  2. 脳機能画像データの形状変換
  3. 脳機能画像データの空間的前処理
  4. 血流動態モデルの作成
  5. 一般線型モデルの計算
  6. 脳機能解析アルゴリズム(主成分分析など)

参考リンク

NiPyの基礎
日本語のレポートでわかりやすいのでオススメです。
PDFなので、ダウンロードでき便利です。

Nipy
公式のドキュメントです。

Nibabel:ファイルIO

ファイルの入出力とデータ管理のためのライブラリ

NIfTIファイルの入出力

参考リンク

Nibabel

Nitime:時系列解析

ニューロサイエンスデータの時系列解析

fMRIデータの時系列解析のためのライブラリ

参考リンク

Nitime

Nitime Documentation

Nilearn:機械学習

ニューロイメージングデータの機械学習ライブラリ

参考リンク

Nilearn

PyMVPA

大規模なニューロイメージデータセットの機械学習を容易にするライブラリ

参考リンク

PyMVPA
公式ページ

PyMVPA-Manual.pdf
公式の英語マニュアルのPDF

Niwidgets:視覚化

データの視覚化ライブラリ

Niwidgetsのメモを書きました。

下のリンクで見ることができます。


Niwidgetsのメモ

参考リンク

Niwidgets

pydicom:DICOMファイルを扱う

Pydicomは、医用画像などのDICOMファイルを扱うためのパッケージです。

参照リンク

pydicom

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