WSL環境でFreeSurferを試す-セットアップ編-

WSL環境でFreeSurferを試す

FreeSurferは、LinuxとmacOSの環境で動作します。

Windows環境では動作しないので、WindowsユーザーはLinuxに切り替えるしかない。

Virtual Boxで、仮想のLinux環境を整える方法もあるが、今回はWSLで試してみる。

*失敗するかもしれないので、更新していく予定です。

license.txtを入手する

FreeSurferに登録すると、license.txtが送信されます。

license.txtは後で必要になるので、FreeSurferに登録しときましょう。

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html

FreeSurferをダウンロードする

WSLのホームディレクトリにdownloadsを作成
念の為、pwdで、現在のディレクトリを確認する。

mkdir downloads

/home/user_name/downloadsにFreeSurferをダウンロードしていきます。

wget -c https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

結構かかる
1時間以上かかった

Windowsとの共有ディレクトリ/mnt/cでも試したが、うまくいかなかった?。。。

FreeSurferのインストール

FreeSurferをダウンロードするで、ダウンロードしたファイルを解凍&展開します。

sudo tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

展開先に、/usr/localを指定してください。

インストールしたフォルダにlicense.txtを移動

license.txtをfreesurfer内に移動させます。

sudo mv license.txt /usr/local/freesurfer

セットアップ/環境変数

環境変数を設定します。

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

因みに

export -p

で、環境変数を確認できる。

FreeSurferの確認

source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

上のコマンドを入力すると

これが出てくれば、OKらしい。

subjectディレクトリの登録

export SUBJECTS_DIR=<設定したいディレクトリ>

メモ:セットアップ/環境変数

nano /usr/local/freesurfer/SetUpFreeSurfer.sh
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

export SUBJECTS_DIR=<設定したいディレクトリ>

に書き換えて、[Ctrl+O]で保存、[Ctrl+T]->SetUpFreeSurfer.shを選択&Enter
[Ctrl+X]で終了する。

起動するたびに、環境変数が設定されるようにする

exportで環境変数を設定したが、WSLを終了させると消えてしまう。

nano .bashrc

一番下に次のコマンドを入力する。

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
export SUBJECTS_DIR=<設定したいディレクトリ>
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

こうすることで、起動するたびに自動的に実行される。
[Ctrl+O]で、保存する。
[Ctrl+T]、次に、.bashrcを選択してEnterを押す。

[Ctrl+X]で、終了する。

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