fMRI Data Analysis

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NiPyとmatplotlibで、脳機能画像のアニメーション

NiPyとmatplotlibで、脳機能画像のアニメーション NiPyとmatplotlibで、脳機能画像のアニメーションを作っていきます。 Axial画像 Saggital画像 Coronal画像 ...
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Positive BOLDとNegative BOLDとは?

Positive BOLDとNegative BOLDとは? Positive BOLD(正のBOLD)と、Negative BOLD(負のBOLD)について、メモしていきます。 BOLD効果のおさらい BOLD効果とfM...
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Resting-State fMRIについてのメモする

更新するつもりです。 Resting-State fMRIとは Resting-State fMRIは、日本語では安静時fMRIなどと言ったりしますが、ここではrs-fMRIと略します。 rs-fMRIは、その名の通り、課題や...
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SPM12|WFU_PickAtlasでROI解析

SPM12|WFU_PickAtlasでROI解析 SPM12でWFU_PickAtlasというツールを使って、ROI解析をします。 対象の部位だけにマスクをかけて、その部分だけの解析結果を表示させます。 WFU_PickAtla...
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SPM12でSPM8のNormalisation(標準化)する方法

SPM12でSPM8のNormalisation(標準化)する方法 SPM12でSPM8の標準化をする方法を紹介します。 SPM12とSPM8では、デフォルトでMNIが違います。 SPM12では、標準化後のサイズが79-95-...
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SPM12|Batchで一括で解析する方法

SPM12|Batchで一括で解析する方法 Batchの作り方 Batchの作り方を紹介します。 今回実行する手順は、このサイトで紹介したSPM12の手順をと同じです。 spm12|Realign(動き補正) sp...
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SPM12|Check Reg

SPM12|Check Reg Check Regでは、複数のMRI画像を並べて、確認することができます。 参考 spm12_startersguide.pdf
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SPM12|Display

SPM12|Display Displayでは、fileのサイズ(x-y-z座標)などの、NIfTI画像とその情報を確認することが出来ます。 参考 spm12_startersguide.pdf
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SPM12|Results(結果表示)

Results(結果表示) Estimateの結果を表示させます。 Estimateで作られた、SPM.matを選択します。 Define new contrastをクリックします。 define c...
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SPM12|Estimate(推定)

SPM12|Estimate(推定) は、Specify 1st-levelで作られた、SPM.matを選択する。 参考 spm12_startersguide.pdf
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フリーなfMRIデータを入手する方法

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SPM12の使い方メモ

SPM12の使い方 SPM12の解析手順の記録しようと思います。(私が忘れてしまうので...) SPMは、MATLAB上で動作するので、当たり前ですが、MATLABが必須となります。 fMRIの実験において、実験デザインは...
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SPM12|Specify 1st-level(モデル決定)

SPM12|Specify 1st-level(モデル決定) SPM.matが作成される 設定 ブロックデザインについての設定です。 事象関連デザインの場合は、Slice Timingを実行するので、でSecondsを選択す...
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SPM12|Smooth(平滑化)

SPM12|Smooth(平滑化) SPM12のSmooth(平滑化)の手順をメモします。 Smoothで作成されるファイルは、 s+ファイル名 の1種類のみです。 Normalizationで作った、...
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SPM12|Normalise(標準化)

SPM12|Normalise(標準化) SPM12のNormalise(標準化)の手順をメモしていきます。 出力されるファイルは、 w+ファイル名 y_mean+ファイル名 の2種類のファイルが作成される。 ...
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SPM12|Realign(動き補正)

SPM12|Realign(動き補正) SPM12のRealign(動き補正)の手順を記録します。 出力されるファイルは、 r+ファイル名 rp_f-MRI_001.txt mean+ファイル名 上の3種類のファ...
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BOLD効果とfMRIのメモ

BOLD効果とfMRIのメモ fMRIの原理である、BOLD効果についてのメモです。 BOLD効果を誰でも分かるように、簡単に説明していきます。 BOLD効果とは BOLDは、 Blood-Oxygenation-...
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実験デザインと血流動態(HRF)モデル

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血流動態反応関数(HRF)をPythonでモデリング

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MRIcroGLのdcm2niixでNIfTI変換

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SPM12でNIfTI変換

SPM12でDICOMをNIfTIに変換する SPM12を起動します。 右下のをクリックし、変換したいDICOMを選択します。 変換するファイルは、NIfTIなので、下のSingle Fileを選択して...
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MRIConvertを使ってNIfTI変換

MRIConvertの使用感 MRIConvertは、NIfTIに変換したいDICOMファイルの入ったフォルダを選択して、実行するだけで、自動的にフォルダー管理してくれます。 通常のMRIの撮像では、位置の撮像・T1強調画像・fMR...
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MRIcron dcm2niiguiでNIfTI変換

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NiBabelのメモ

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NIfTIのメモ

参考URL
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