nipy データセットをインストールする方法
nipyのOptional data packagesをインストールする方法を紹介します。
nipyのライブラリ（ソースコード）には、テストを実行するための非常にデータファイルがいくつかあります。
しかし、大規模なサンプルデータファイルや、重要な脳テンプレートは含まれていません。
これらのデータセットがない場合、nipyのサンプルコードが実行できないものもあります。
それらのデータセットは、別途インストールする必要があります。
大まかな説明は、http://nipy.org/nipy/users/install_data.html
の公式ドキュメントにあります。
このドキュメント通りにやってもうまく行かなったので、メモを残します。
こんなエラーが出ます
/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/h5py/__init__.py:36: FutureWarning: Conversion of the second argument of issubdtype from `float` to `np.floating` is deprecated. In future, it will be treated as `np.float64 == np.dtype(float).type`.
from ._conv import register_converters as _register_converters
T1_brain.nii.gzがありませんとのエラーです。
標準のNipyでは、このファイルは入っていないので、今回紹介するデータセットのインストールが必要になります。
インストールの一連の流れ
- データパッケージをダウンロード
- setup.pyを修正
- setup.pyを実行
以上の３つの手順でインストールが完了します。
WindowsとmacOSの環境で試しましたが、どちらも同じ流れでインストールできます。
データパッケージのインストール
データのダウンロード
http://nipy.org/data-packages/
の
- nipy-data-0.2
- nipy-templates-0.2
を適当な場所にダウンロードします。
ダウンロードしたファイルの場所を
c:\path\to\extracted\files
とします。
setup.pyを編集する
エラーが出るので、setup.pyを修正します。
どちらも、setup.pyは変わらないので、ディレクトリだけ変更します。
ConfigParserというモジュールがありませんというエラーを吐きます。
nipy-data-0.2とnipy-templates-0.2のsetup.pyのソースコードを少しいじる必要があります。
修正箇所は、すごく簡単です。
importを変更します。
変更箇所
import configparser as ConfigParser
configparser as を追加してください。
この作業をnipy-data-0.2とnipy-templates-0.2の２つのフォルダのsetup.pyに対して実行します。
この修正をすることで、Optional data packagesのインストール完了です。
setup.pyを実行する
cdコマンドで、カレントディレクトリを変更します。
ダウンロードしたファイルの場所は、
c:\path\to\extracted\files
としました。
setup.pyを実行します。
引数にinstallを渡します。
コマンドは、下です。
cd c:\path\to\extracted\files python setup.py install
この作業をnipy-data-0.2とnipy-templates-0.2に対して実行します。
流れ図
