MRIcron dcm2niiguiでNIfTI変換

動作不良が発生

私の使っているPCだけならいいのですが、私の使っているPCで(OSはmacOS MojaveとWindows10)で、dcm2niiguiが動作しなくなりました。

いずれも反応しませんとエラーが出ました。

確か…macOS10.13 High Sierraでは、問題なく動きました。

2018/10/29:macOSを更新して10.14にしたところ、ドラッグ&ドロップしても変換出来なくなった。

2018/10/30:Windows10でも変換できなかった。

MRIcron dcm2niiguiでDICOMをNIfTIに変換する

MRIcronを利用する方法を紹介する。

まずはじめにMRIcronをダウンロードする。
ダウンロードの方法は、こちら

次にDICOM形式からの変換をする。


*この画像は、macOS版です。

中央のOutput Formatで、Formatを選択します。
今回は、FSL/SPM8(4D NIfTI nii)を選択します。

そして、下の空白箇所に、DICOMファイルをドラッグ&ドロップすることで、NIfTI形式のファイルに変換することができます。

50秒ぐらいかかります。

また、DICOMファイルが入ったフォルダがある場合は、メニュバーのファイルから「DICOM to NIfTI」でフォルダを選択することで一気に変換することもできます。

変換ファイルの種類

3D

3D形式では、

  1. SPM2(3D Analyze hdr/img)
  2. SPM5(3D NIfTI hdr/img)
  3. SPM8(3D NIfTI nii)

があります。
3D形式では、ボリューム分のファイルが出力されます。

例えば、私らが使用しているものは、99ボリュームなので、99の変換されたファイルが生成されます。

4D

4D形式では、

  1. 4D NIfTI hdr/img
  2. FSL/SPM8(4D NIfTI nii)
  3. Compressed FSL(4D NIfTI nii)

があります。

4D形式では、1つのファイルにデータが格納されます。

nii.gzファイル(NIfTIの圧縮形式 )

nii.gzファイルにも変換することができます。

nii.gzに変換するためには、dcm2niigui

[Output Format]を[Compressed FSL (4D NIfTI nii)]

に変更します。

設定が終わったら、左上のメニューバーから[File]→[DICOM to NIfTI]より変換しましょう。

nipyなどを使うとき、ドキュメントではこのnii.gzがよく使われているので、nii.gz形式に変換した方が使いやすいでしょう。