NiBabelを使ってデータを読み込む
NiBabelでは、loadを使ってデータを読み込みます。
loadで、Nifti1Imageオブジェクトを作ります。
pathでは、.niiファルなどのフォーマットを指定してください。
import nibabel as nib path = "ファイル名" #ファイルの読み込み img = nib.load(path) type(img) #Out : nibabel.nifti1.Nifti1Image
データをnumpy配列で取得する
データをnumpy配列として取得することができます。
データ操作がしやすくなると思います。
#データをnumpy配列で取得する img_data = img.get_data() img2_data = img.get_fdata() type(img_data) #Out : numpy.ndarray
ヘッダー
ヘッダー情報を取得します。
#ヘッダーの取得 header = img.header()
サイズを確認する
ヘッダーオブジェクトでは、サイズを確認することができます。
header.get_data_shape()
参考
Neuroimaging in Python — NiBabel 5.4.0.dev1+g3b1c7b37 documentation
nipy.org
