macOSにFreeSurferをインストール

macOSにFreeSurferをインストールする

手順

  1. XQuartzのインストール
  2. FreeSurferをインストール
  3. FreeSurferライセンス
  4. FreeSurferの設定
  5. テスト

下のサイトを見てインストールしました。

XQuartzのインストール

公式サイトの手順を踏んでいます。
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/MacOsInstall

XQuartz 2.7.6.から、XQuartzをダウンロード&インストールします。

FreeSurferをダウンロード&インストール

公式サイトの手順を踏んでいます。
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/DownloadAndInstall

下のリンクをクリックすると、ダウンロードが始まります。
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Darwin-OSX-stable-pub-v6.0.0.dmg

ライセンス関連

sudo mv license.txt /Applications/freesurfer

FreeSurferの設定

FreeSurferの設定で環境変数にFREESURFER_HOMEを追加します。

export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

環境変数にSUBJECTS_DIRを追加します。

export SUBJECTS_DIR=/Users/betashort/freesurfer_subjects

テスト1:mri_convert

cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz $SUBJECTS_DIR
cd $SUBJECTS_DIR
mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz

テスト2:freeview

cd $FREESURFER_HOME/subjects
freeview -v \
    bert/mri/T1.mgz \
    bert/mri/wm.mgz \
    bert/mri/brainmask.mgz \
    bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
    -f \
    bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
    bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
    bert/surf/rh.pial:edgecolor=red

nano .bashrc

exportで環境変数を定義しても、ターミナルを終了すると消えてしまうので、.bashrcに登録しておきます。

ターミナルを起動させるたびに、実行される。

cd
nano .bashrc
export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer
export SUBJECTS_DIR=/Users/betashort/freesurfer_subjects
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh