DICOMからNIfTIに変換するメモ
医用画像のデータ形式は、一般的にDICOM形式である。
画像解析をするにあたって、解析しやすいデータ形式に変換する。
今回は、DICOM形式からNIfTI形式に変換する作業を紹介します。
変換ツールは、MRIcron dcm2niiguiとSPM、MRIConvertを使用します。
更新
DICOMからNIfTIに変換するソフトウェアについて、別記事に書きました。
リンクを貼りましたので、そこからジャンプしてください。
DICOM形式からの変換
MRI等の医用画像データはDICOM形式で保存されていることが多い。
この画像データ(DICOM形式)を、画像解析しやすいデータ形式に変換する。
データ形式には、Analyze形式とNIfTI形式がある。
Analyze形式
画像の拡張子は、.hdrと.imgの２つのファイルから構成されている
.hdrには、画像のマトリクスサイズやボリューム数など、画像を読み込むのに必要なヘッダ情報が記述されている
.img には、実際の画像データ情報が記述されている
Analyze形式は、２つの画像ファイルが揃って初めて画像を読み込むことができる
このため、Analyze形式はファイル数が多くなってしまう。
NIfTI形式
NIfTI形式はMR画像を利用した画像解析のために開発された画像保存形式である。
画像ヘッダ情報と画像データ情報を１つにファイルに記述した.niliが拡張子になる
また、このファイルをgzip圧縮したnii.gzファイルをある。
DICOM形式からNIfTI形式に変換する
DICOM形式の画像をNIfTI形式に変換するにはSPMを使用する方法とMRIcron dcm2niiguiを使用する方法、MRIConvertを使用する方法
使用感とアドバイスを元に、
私は、MRIConvertを利用しています。
dcm2niiも使いやすいという方もいるみたい…
好きな方を選べばいいと思います。
DICOMからNIfTIに変換するソフトウェア
DICOMからNIfTIに変換するソフトウェアを紹介します。
MRIConvert
私的に１番使いやすくて、動作も安定したソフトです。
フォルダーに自動で振り分けてくれるので、楽です。
参考
MRIcronのdcm2niigui
動作があまり安定しない印象です。
下のリンク先でも書いてありますが、dcm2niiは、dcm2niixに移行したみたいです。
dcm2niiは古いソフトです。
http://people.cas.sc.edu/rorden/mricron/dcm2nii.html
使い方はこちらから
参考書
MRIcroGLのdcm2niix
前節のdcm2niiの最新バージョンです。
4DのNIfTIファイルか、4DのNIfTI2（gz圧縮)の２種類に変換できます。
SPM12
解析ツールのSPM12を使ってNIfTIに変換します。
4DのNIfTIに変換できます。
3Dから4Dに変換や、逆に4Dから3Dに変換することも出来るので、意外と便利です。
ただし、MATLABがないと使えません。
