SPM12の使い方メモ

fMRI Data Analysis




SPM12の使い方

SPM12の解析手順の記録しようと思います。(私が忘れてしまうので…)

SPMは、MATLAB上で動作するので、当たり前ですが、MATLABが必須となります。

fMRIの実験において、実験デザインは大きく分けて2つあります。

1つは、ブロックデザインです。
2つ目は、事象関連デザインです。

ここでは、主にブロックデザインでの手順の記録になります。

実行環境

macOS Mojave + MATLAB R2017b

Windows10 + MATLAB R2016a

ここで掲載する画像はmasOでのスクショです。

SPM12の導入

下のサイトから、SPM12をダウンロードします。
https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/download/

SPM12がダウンロードできたら、MATLABを起動します。
パスの設定を開きます。

ダウンロードしたSPM12をパスに追加します。

起動は、「spm」と入力すると、SPM12が起動します。

ブロックデザインの解析手順

  1. DICOMからNIfTIへ変換
  2. Realign(動き補正)
  3. Normalise(標準化)
  4. Smooth(平滑化)
  5. Specify 1st-level(モデル決定)
  6. Estimate(推定)
  7. Results(結果の表示)

DICOMからNIfTIへ変換

DICOMファイルからNIfTIファイルに変換する。

Realign(動き補正)

SPM12|Realign(動き補正)
SPM12|Realign(動き補正) SPM12のRealign(動き補正)の手順を記録します。 出力されるファイルは、 r+ファイル名 rp_f-MRI_001.txt mean+ファイル名 上の3種類のファ...

Normalise(標準化)

SPM12|Normalise(標準化)
SPM12|Normalise(標準化) SPM12のNormalise(標準化)の手順をメモしていきます。 出力されるファイルは、 w+ファイル名 y_mean+ファイル名 の2種類のファイルが作成される。 ...

Smooth(平滑化)

SPM12|Smooth(平滑化)
SPM12|Smooth(平滑化) SPM12のSmooth(平滑化)の手順をメモします。 Smoothで作成されるファイルは、 s+ファイル名 の1種類のみです。 Normalizationで作った、...

Specify 1st-level(モデル決定)

SPM12|Specify 1st-level(モデル決定)
SPM12|Specify 1st-level(モデル決定) SPM.matが作成される 設定 ブロックデザインについての設定です。 事象関連デザインの場合は、Slice Timingを実行するので、でSecondsを選択す...

Estimate(推定)

SPM12|Estimate(推定)
SPM12|Estimate(推定) は、Specify 1st-levelで作られた、SPM.matを選択する。 参考 spm12_startersguide.pdf

Results(結果の表示)

SPM12|Results(結果表示)
Results(結果表示) Estimateの結果を表示させます。 Estimateで作られた、SPM.matを選択します。 Define new contrastをクリックします。 define c...

事象関連デザイン

メモ書き

1: Realign:Estimate & Reslice
2: Slice timing (特に事象関連デザインの場合必要) 
TA = TR * (n_slice -1) / n_slice
order slice [1:1:n_slice]
refrence slice = 1

3: Normalize:Estimate & Write

4: Smooth

5:Specify 1st-level
scan = sconds
InterscanInterval = TR
condition – name = your experiments name
select Onsets and press = event timing
durations = 1
6: Results

参考

  1. spm12_startersguide.pdf
  2. http://www.cabiatl.com/Resources/Course/tutorial/html/blockspm.html
  3. https://www.mccauslandcenter.sc.edu/crnl/sw/tutorial/html/eventspm.html

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