SPM12の使い方
SPM12の解析手順の記録しようと思います。（私が忘れてしまうので…）
SPMは、MATLAB上で動作するので、当たり前ですが、MATLABが必須となります。
fMRIの実験において、実験デザインは大きく分けて２つあります。
１つは、ブロックデザインです。
２つ目は、事象関連デザインです。
ここでは、主にブロックデザインでの手順の記録になります。
SPMの解説
https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/
https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/intro/
実行環境
macOS Mojave + MATLAB R2017b
Windows10 + MATLAB R2016a
ここで掲載する画像はmasOでのスクショです。
SPM12の導入
下のサイトから、SPM12をダウンロードします。
https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/software/download/
SPM12がダウンロードできたら、MATLABを起動します。
パスの設定を開きます。
ダウンロードしたSPM12をパスに追加します。
起動は、「spm」と入力すると、SPM12が起動します。
ブロックデザインの解析手順
- DICOMからNIfTIへ変換
- Realign（動き補正）
- Normalise（標準化）
- Smooth（平滑化）
- Specify 1st-level（モデル決定）
- Estimate（推定）
- Results（結果の表示）
DICOMからNIfTIへ変換
DICOMファイルからNIfTIファイルに変換する。
Realign（動き補正）
Normalise（標準化）
Smooth（平滑化）
Specify 1st-level（モデル決定）
Estimate（推定）
Results（結果の表示）
事象関連デザイン
メモ書き
1: Realign:Estimate & Reslice
2: Slice timing (特に事象関連デザインの場合必要)
TA = TR * (n_slice -1) / n_slice
order slice [1:1:n_slice]
refrence slice = 1
3: Normalize:Estimate & Write
4: Smooth
5:Specify 1st-level
scan = sconds
InterscanInterval = TR
condition – name = your experiments name
select Onsets and press = event timing
durations = 1
6: Results