統計学
仮説検定をPythonで解く
brain
fMRI Data Analysis NiPyとmatplotlibで、脳機能画像のアニメーション
NiPyとmatplotlibで、脳機能画像のアニメーション
NiPyとmatplotlibで、脳機能画像のアニメーションを作っていきます。
Axial画像
Saggital画像
Coronal画像
...
fMRI Data Analysis Positive BOLDとNegative BOLDとは？
Positive BOLDとNegative BOLDとは？
Positive BOLD(正のBOLD)と、Negative BOLD(負のBOLD)について、メモしていきます。
BOLD効果のおさらい
BOLD効果とfM...
fMRI Data Analysis Resting-State fMRIについてのメモする
更新するつもりです。
Resting-State fMRIとは
Resting-State fMRIは、日本語では安静時fMRIなどと言ったりしますが、ここではrs-fMRIと略します。
rs-fMRIは、その名の通り、課題や...
fMRI Data Analysis SPM12|WFU_PickAtlasでROI解析
SPM12|WFU_PickAtlasでROI解析
SPM12でWFU_PickAtlasというツールを使って、ROI解析をします。
対象の部位だけにマスクをかけて、その部分だけの解析結果を表示させます。
WFU_PickAtla...
fMRI Data Analysis SPM12でSPM8のNormalisation(標準化)する方法
SPM12でSPM8のNormalisation(標準化)する方法
SPM12でSPM8の標準化をする方法を紹介します。
SPM12とSPM8では、デフォルトでMNIが違います。
SPM12では、標準化後のサイズが79-95-...
fMRI Data Analysis SPM12|Batchで一括で解析する方法
SPM12|Batchで一括で解析する方法
Batchの作り方
Batchの作り方を紹介します。
今回実行する手順は、このサイトで紹介したSPM12の手順をと同じです。
spm12|Realign（動き補正）
sp...
fMRI Data Analysis SPM12|Check Reg
SPM12|Check Reg
Check Regでは、複数のMRI画像を並べて、確認することができます。
参考
spm12_startersguide.pdf
fMRI Data Analysis SPM12|Display
SPM12|Display
Displayでは、fileのサイズ(x-y-z座標)などの、NIfTI画像とその情報を確認することが出来ます。
参考
spm12_startersguide.pdf
fMRI Data Analysis SPM12|Results(結果表示)
Results(結果表示)
Estimateの結果を表示させます。
Estimateで作られた、SPM.matを選択します。
Define new contrastをクリックします。
define c...
fMRI Data Analysis SPM12|Estimate(推定)
SPM12|Estimate(推定)
は、Specify 1st-levelで作られた、SPM.matを選択する。
参考
spm12_startersguide.pdf
brain macOSにFreeSurferをインストール
macOSにFreeSurferをインストールする
手順
XQuartzのインストール
FreeSurferをインストール
FreeSurferライセンス
FreeSurferの設定
テスト
下のサイトを見てイ...
brain UbuntuでFreeSurfer
FreeSurfer動かなかった
結局、FreeFurferはUbuntu環境では動作しませんでした。
Ubuntu18で試した結果：Freeviewが動作しない
Ubuntu16で試した結果:Freeviewは動作したが、画...
brain Ubuntuの導入方法-WindowPCをUbuntuにする
brain WSL環境でFreeSurferを試す-セットアップ編-
brain WSLの導入方法をメモする。
fMRI Data Analysis フリーなfMRIデータを入手する方法
fMRI Data Analysis SPM12の使い方メモ
SPM12の使い方
SPM12の解析手順の記録しようと思います。（私が忘れてしまうので...）
SPMは、MATLAB上で動作するので、当たり前ですが、MATLABが必須となります。
fMRIの実験において、実験デザインは...
fMRI Data Analysis SPM12|Specify 1st-level（モデル決定）
SPM12|Specify 1st-level（モデル決定）
SPM.matが作成される
設定
ブロックデザインについての設定です。
事象関連デザインの場合は、Slice Timingを実行するので、でSecondsを選択す...
fMRI Data Analysis SPM12|Smooth（平滑化）
SPM12|Smooth（平滑化）
SPM12のSmooth（平滑化）の手順をメモします。
Smoothで作成されるファイルは、
s+ファイル名
の１種類のみです。
Normalizationで作った、...
fMRI Data Analysis SPM12|Normalise（標準化）
SPM12|Normalise（標準化）
SPM12のNormalise（標準化）の手順をメモしていきます。
出力されるファイルは、
w+ファイル名
y_mean+ファイル名
の２種類のファイルが作成される。
...
fMRI Data Analysis SPM12|Realign（動き補正）
SPM12|Realign（動き補正）
SPM12のRealign（動き補正）の手順を記録します。
出力されるファイルは、
r+ファイル名
rp_f-MRI_001.txt
mean+ファイル名
上の３種類のファ...
fMRI Data Analysis BOLD効果とfMRIのメモ
BOLD効果とfMRIのメモ
fMRIの原理である、BOLD効果についてのメモです。
BOLD効果を誰でも分かるように、簡単に説明していきます。
BOLD効果とは
BOLDは、
Blood-Oxygenation-...
fMRI Data Analysis 実験デザインと血流動態(HRF)モデル
fMRI Data Analysis 血流動態反応関数(HRF)をPythonでモデリング
fMRI Data Analysis