C++
[C++]Vectorの使い方
brain
fMRI SPM12|WFU_PickAtlasでROI解析
SPM12|WFU_PickAtlasでROI解析
SPM12でWFU_PickAtlasというツールを使って、ROI解析をします。
対象の部位だけにマスクをかけて、その部分だけの解析結果を表示させます。
WFU_PickAtla...
fMRI SPM12でSPM8のNormalisation(標準化)する方法
SPM12でSPM8のNormalisation(標準化)する方法
SPM12でSPM8の標準化をする方法を紹介します。
SPM12とSPM8では、デフォルトでMNIが違います。
SPM12では、標準化後のサイズが79-95-...
fMRI SPM12|Batchで一括で解析する方法
SPM12|Batchで一括で解析する方法
Batchの作り方
Batchの作り方を紹介します。
今回実行する手順は、このサイトで紹介したSPM12の手順をと同じです。
spm12|Realign（動き補正）
sp...
fMRI SPM12|Check Reg
SPM12|Check Reg
Check Regでは、複数のMRI画像を並べて、確認することができます。
参考
spm12_startersguide.pdf
fMRI SPM12|Display
SPM12|Display
Displayでは、fileのサイズ(x-y-z座標)などの、NIfTI画像とその情報を確認することが出来ます。
参考
spm12_startersguide.pdf
fMRI SPM12|Results(結果表示)
Results(結果表示)
Estimateの結果を表示させます。
Estimateで作られた、SPM.matを選択します。
Define new contrastをクリックします。
define c...
fMRI SPM12|Estimate(推定)
SPM12|Estimate(推定)
は、Specify 1st-levelで作られた、SPM.matを選択する。
参考
spm12_startersguide.pdf
brain macOSにFreeSurferをインストール
brain UbuntuでFreeSurfer
FreeSurfer動かなかった
結局、FreeFurferはUbuntu環境では動作しませんでした。
Ubuntu18で試した結果：Freeviewが動作しない
Ubuntu16で試した結果:Freeviewは動作したが、画...
brain Ubuntuの導入方法-WindowPCをUbuntuにする
brain WSL環境でFreeSurferを試す-FSチュートリアル編-
WSL環境でFreeSurferを試す-FSチュートリアル編-
試している途中・・・
失敗するかも・・・
FreeSurferTutorialDatasets
参照
チュートリアルデータセットを入手
...
brain WSL環境でFreeSurferを試す-セットアップ編-
brain WSLの導入方法をメモする。
fMRI フリーなfMRIデータを入手する方法
fMRI SPM12の使い方メモ
SPM12の使い方
SPM12の解析手順の記録しようと思います。（私が忘れてしまうので...）
SPMは、MATLAB上で動作するので、当たり前ですが、MATLABが必須となります。
fMRIの実験において、実験デザインは...
fMRI SPM12|Specify 1st-level（モデル決定）
SPM12|Specify 1st-level（モデル決定）
SPM.matが作成される
設定
ブロックデザインについての設定です。
事象関連デザインの場合は、Slice Timingを実行するので、でSecondsを選択す...
fMRI SPM12|Smooth（平滑化）
SPM12|Smooth（平滑化）
SPM12のSmooth（平滑化）の手順をメモします。
Smoothで作成されるファイルは、
s+ファイル名
の１種類のみです。
Normalizationで作った、...
fMRI SPM12|Normalise（標準化）
SPM12|Normalise（標準化）
SPM12のNormalise（標準化）の手順をメモしていきます。
出力されるファイルは、
w+ファイル名
y_mean+ファイル名
の２種類のファイルが作成される。
...
fMRI SPM12|Realign（動き補正）
SPM12|Realign（動き補正）
SPM12のRealign（動き補正）の手順を記録します。
出力されるファイルは、
r+ファイル名
rp_f-MRI_001.txt
mean+ファイル名
上の３種類のファ...
fMRI BOLD効果とfMRIのメモ
fMRI 実験デザインと血流動態(HRF)モデル
fMRI 血流動態反応関数(HRF)をPythonでモデリング
fMRI MRIcroGLのdcm2niixでNIfTI変換
fMRI SPM12でNIfTI変換
SPM12でDICOMをNIfTIに変換する
SPM12を起動します。
右下のをクリックし、変換したいDICOMを選択します。
変換するファイルは、NIfTIなので、下のSingle Fileを選択して...
fMRI MRIConvertを使ってNIfTI変換
MRIConvertの使用感
MRIConvertは、NIfTIに変換したいDICOMファイルの入ったフォルダを選択して、実行するだけで、自動的にフォルダー管理してくれます。
通常のMRIの撮像では、位置の撮像・T1強調画像・fMR...